(资料图)
作为个性化医疗的一种方法，一项新的Nature Communications研究提出，DNA 修复的“突变足迹”是一种很有前途的预测遗传标记，用于确定哪些肿瘤会对某些疗法产生反应。
癌症治疗越来越依赖于个性化的方法，其中单个肿瘤的基因变化可用于确定最佳治疗策略。迄今为止，在许多情况下，这些基因变化包括一种所谓的驱动突变，可以预测对药物的反应。例如，黑色素瘤中 BRAF 基因的突变预测对 BRAF 抑制剂药物的反应，而乳腺癌中 ERBB2 基因的扩增预测对 ERBB 抑制剂药物的反应。
然而，这些成功的药物标志物的例子仍然相当罕见。对于许多突变的驱动基因，没有针对它们的特定药物。此外，不同患者的肿瘤对药物的反应表现出很高的变异性，而这种变异性通常与驱动基因突变无关。
由 ICREA 研究员兼基因组数据科学实验室负责人 Fran Supek 博士领导的 IRB Barcelona 的研究人员发现，所谓的突变特征可以准确地预测应用于来自多种肿瘤的癌细胞的各种药物的活性。这些突变特征并非源自驱动基因;相反，它们反映了在整个肿瘤基因组中发现的一系列突变。例如，突变特征可以反映肿瘤难以复制或修复 DNA，这可能使其更适合治疗。
“我们使用机器学习方法进行了统计分析，同时考虑了癌细胞基因组、它们对各种药物的反应以及它们对基因编辑实验的反应。令人惊讶的是，我们的分析表明‘经典’遗传标记，如驱动基因突变或在预测药物反应方面，拷贝数变化通常不如突变特征遗传标记强大，”Supek 博士解释说。
DNA修复缺陷使癌细胞更容易被许多药物靶向
这项研究发现许多统计预测将观察到的突变特征与对癌症药物的反应(或缺乏)联系起来。以前已知，所谓的 BRCA 基因中的某种类型的缺陷(可导致乳腺癌、卵巢癌和前列腺癌)预示着对针对 BRCA 缺陷的药物的反应。这种缺陷还会在某些类型的缺失(去除的 DNA)的基因组中留下突变特征，这可能表明肿瘤可以通过靶向 BRCA 缺陷的药物治疗。
